Вероятность назначения проверки высока, если хозяйствующий субъект:
1. Имеет низкую налоговую нагрузку в сравнении с хозяйствующими субъектами в конкретной отрасли (по виду экономической деятельности);
2. Имеет убытки в течение 2 и более календарных лет;
3. Отражает в налоговой отчетности значительные суммы вычетов по НДС (доля вычетов равна либо превышает 89% за период 12 месяцев от суммы начисленного с налоговой базы налога);
4. Имеет темп роста расходов от реализации товаров (работ, услуг), опережающий темп роста доходов;
5. Выплачивает среднемесячную заработную плату работникам в размере ниже среднего уровня заработной платы по виду экономической деятельности в субъекте РФ;
6. Имеет неоднократное (два и более раза в течение календарного года) приближение (менее 5%) к предельному значению установленных НК РФ величин показателей, предоставляющих ему право применять спецрежимы;
7. Имеет расходы, максимально приближенные к сумме дохода, полученного за календарный год (внимание налоговиков привлечет доля профессиональных вычетов, предусмотренных ст. 221 НК РФ, заявленных индивидуальным предпринимателем в декларации по форме 3-НДФЛ, в общей сумме доходов, превышающая 83%);
8. Строит финансово-хозяйственную деятельность на основе заключения договоров с контрагентами — перекупщиками или посредниками (цепочки контрагентов) — без наличия разумных экономических или иных причин (деловой цели) (Постановлении Пленума ВАС РФ от 12.10.2006 № 53);
9. Не представляет запрашиваемые налоговым органом документы, пояснения на запросы налогового органа о выявлении несоответствия показателей деятельности;
10. Неоднократно (два и более случая с момента государственной регистрации юридического лица) осуществляет снятие с учета и постановку на учет в налоговых органах в связи с изменением своего места нахождения («миграция» между инспекциями);
11. Имеет значительное отклонение (в сторону уменьшения) уровня рентабельности по данным бухгалтерского учета от уровня рентабельности для данной сферы деятельности по данным статистики на 10% и более.